植物
保存完整的珍貴植群
在 植物方面，東部的植群涵蓋從海拔3000餘公尺的高山亞寒帶，到熱帶海岸之間各種植物相，如針葉林、針葉闊葉混合林、闊葉林、熱帶雨林、海岸林、濱海植物群等均有分佈，幾乎包括台灣各種植物群落之類型。本區秀姑巒溪兩岸的熱帶雨林、奚卜蘭島的荊棘林，以及石梯坪、三仙台和富岡地質公園 (小野柳)的珊瑚礁植群，皆是台灣珍貴的生態景觀。其中秀姑巒溪兩岸的熱帶雨林因保存相當完整，因此格外珍貴，是台灣目前除烏來、恆春及蘭嶼外，所僅存的熱帶雨林區。
植物解說
動物
野生動物的大本營
哺乳類
東部地區因開發較少，野生動物的棲息地頗為完整，因而成為台灣野生動物的大本營。根據調查，東海岸曾發現的哺乳類動物有20餘種，並有6種為台灣所特有，包括台灣獼猴、小黃腹鼠等，其中尤以台灣獼猴最具代表性，亦最易觀察。位於台東東河的泰源幽谷是台灣獼猴嬉戲的天堂，尤其是晨昏覓食的時段，成群的台灣獼猴經常在樹林中出沒，形成本區極為獨特的景觀。
魚類
魚類方面，高身鏟頷魚、何氏棘(魚入)、菊池氏細鯽皆為台灣特有種。另秀姑巒溪每年3月至8月的洄游性生態，足以媲美溫帶地區著名的鮭魚洄游生態，可說是全世界第一的亞熱帶河川洄游生態奇觀。每年春季開始，陸續由海洋進入秀姑巒溪的千千萬萬小生命，掀起一場場精采的生命盛會，是東海岸獨有的生態景觀。
鳥類
東海岸的鳥類將近有150種之多，是賞鳥的天堂，豐富的鳥類資源與自然景觀，經中華民國野鳥協會精心調查規劃出13條賞鳥路線。尤其在秀姑巒溪及馬武窟溪沿線溪谷，不論是候鳥或是留鳥數量、種類都相當多。本區的代表性鳥類是僅在東部及恆春存在的台灣特有種鳥類-烏頭翁，它與西部地區的白頭翁，形成了奇妙的地理分隔現象。
濱海生物
豐富多樣的海邊生物 生態觀光的樂園
海邊生物包括所有生長在海邊潮間帶中的植物與動物，為了適應棲息環境於漲退潮時的劇烈變化，海邊生物在漫長的演化過程中，各自發展出不同的外型與結構。這些生物豐富的種類及龐大的數量，組成了海邊多采多姿的花花世界。東海岸擁有河口、沙灘、礫灘、礁岩等各種海岸地形和生態環境，其間棲息種種類繁多且數量豐富的海邊生物。根據調查，目前已知有50種以上的大型藻類、140種以上的貝類、60種以上的珊瑚、130種以上的潮間帶魚類，及其他數以百計的甲殼類、多毛類、棘皮類動物。 其中綠島、石梯坪、三仙台、富岡地質公園 (小野柳)四處海域擁有成林的各式珊瑚，其間聚集的熱帶魚類及各種無脊椎動物極多，為潛水觀光的好地方，尤其綠島的珊瑚種類更多達220餘種之多，其多樣性為世界同類型島嶼所無法比擬。
砂質海岸
本區的砂岸較陡且底質不穩，潮間帶較窄，只有少數幾種掘沙迅速的動物生存其中。砂岸上的生物通常躲在砂層中，不易見到。如砂蟹棲住在高潮線附近的砂洞中，夜間外出覓食，行動敏捷，洞口有挖砂時噴灑出的放射狀沙粒。形如卵石地倒跺，常在海浪拍打時出洞覓食，當海浪退去，又迅速躲進砂中；雙殼貝類也是砂岸常見的動物，利用鰓和水管過濾水中的浮游生物為食。
礫石海岸
礫石海岸的卵石受到海岸衝拍而不停的滾動，且經常改變堆積的形狀，因此不利於固著性生物的生長。棲住在滾動礫石間的動物，大多具有特殊的生存本領。陽燧足會切斷腕足，以脫離被滾動石塊夾住的窘境；寄居蟹利用堅硬的螺殼保護自己；蝦、蟹類會自斷被石塊夾住的足肢逃生，不但不會流失大量的血液，在脫殼時還有再生的能力。
礁岩海岸
礁岩上常有許多孔隙，是海邊生物棲住的最佳場所，因此生物種類和數量都極為豐富。有些大型藻類較耐乾旱，能在高潮線附近較乾燥的地方生存，如石蓴及滸苔；有些則呼吸海中的石灰質，並在體內沉積，以增強組織硬度抵抗水流，並降低體內有機質的比例，使其他動物不屑為食，如仙人掌藻。高潮線附近的動物，則具較強的吸附力，以抵抗海水沖擊及掠食者，如玉米螺。